Pada mulanya Gereja Kristen Anugerah (GKA) merupakan suatu organisasi struktural berbentuk Episkopal yang dikelola oleh Badan Pengurus Pusat yang terdiri sekurang-kurangnya seorang ketua, seorang wakil ketua, seorang sekretaris, seorang bendahara, dan seorang anggota. Masing-masing cabang berdiri sendiri dan boleh memilih Majelis Gereja sendiri. (AD/ART sebelum direvisi) ps 5: a-e).
Gereja-gereja dengan tata kelola episkopal dipimpin oleh para uskup atau Bishop, mempraktikan kewenangan mereka dalam keuskupan dan konferensi . Kepemimpinan mereka bersifat sakramental dan konstitusional; Jadi otoritas pada gereja dengan pemerintahan Episkopal terletak pada Uskup atau Bishop. Sebagai kesimpulan Gereja Kristen Anugerah merupakan organisasi gereja struktural yang bersifat sentralisasi dengan otoritas tertinggi pada Bishop (Jahja Handjojo) dengan kantor pusat di Jl Kaji No 2a (belakang) Jakarta 10130, dengan Badan Pengurus sebagai berikut:
Pdt. Dr. Wahyu Lay M.M
Pdt. Dally Wijaja M.M
Pdt. Sudarto, BA., S.Th.
Job Description:
Pdt. Hanny Pandeirot M.Miss
Job Description:
Pdt Markus Titahena S.Th.
Job Description:
Ev. Dra. Lieke Karuniaty Handjojo
Job Description:
Job Description:
Ev. Chris Pramudianto. S.Pd
Ketua Bidang Anak-Anak (Sekolah Minggu)
Pdt. Pastijaya Halawa, M.Pd
Ketua Bidang Pemuda Remaja
Pdt. Yusminar Halu, M.Pd
Ketua Bidang Wanita
Yulliana Subroto, S.E
Ketua Bidang Humas
Pdt. Dr. Yonson Dethan M.Th
Ketua Bidang Litbang:
Ev. Dra. Lanny Handjojo
Ketua Bidang Diakonia
Pdt. Lee Me Ae, M.Th
Ketua Bidang Pendidikan dan PI
Untuk mengawasi kinerja Badan Pengurus Pusat (BPP). GKA, maka dibentuk Badan Pengawas yang beranggotakan: Dra. Lieke Karuniaty; Pdt. DR. Willem Hekman dan Pdt. Hana T Budhiwati.
BADAN PENGAWAS
Anggaran Rumah Tangga (AD/ART) Gereja Kristen Anugerah (GKA) direvisi oleh Tim Perumus kemudian disempurnakan oleh Badan Pengurus Pusat GKA yang diadakan dan ditetapkan di Jl. Kaji no 2 A (belakang) Jakarta, pada tanggal 28 Mei 2018.dan hasilnya dilampirkan pada Laporan tahunan GKA kepada Dirjen Bimas Kristen Kementerian Agama Republik Indonesia di Jakarta dan disosialisasikan kepada Gereja-Gereja GKA di seluruh Indonesia sebagaimana yang dipakai sebagai pijakan dalam berjemaat.
Kegiatan sehari hari Sinode GKA dipimpin oleh Badan Pengurus Pusat (BPP) yang terdiri atas seorang ketua, seorang wakil ketua, seorang sekretaris, seorang Bendahara, dan Anggota, serta ketua ketua Komisi.