Gereja Kristen Anugerah tidak muncul dengan sendirinya, melainkan merupakan hasil usaha pemberitaan Injil yang dilakukan oleh seorang hamba Tuhan bernama Bishop Jahja Handjojo, yang menghasilkan suatu persekutuan orang-orang beriman kepada Yesus Kristus.
Awalnya Bishop Jahja Handjojo ( dulu …..Boksu Han) melayani di Gereja Beritakan Injil,,, Jl. Kemurnian , pelayanan menggunakan bahasa Indonesia di translate ke bahasa Mandarin, lalu membeli rumah tua di Jl. Keagungan 14 Jakarta Kota. Ibadah dimulai sejak tahun 1968, namun ada hambatan sehingga rumah tersebut dijual, kemudian menyewa digedung Koni di jl.Keadilan, Jakarta Kota. Di tempat inipun tidak bertahan lama, karena harus sewa dan harganya lumayan mahal. Kemudian ibadah diteruskan di rumah ibunya pak Bishop di Garasi jl. Kaji no.1 tapi rumah ini dijual juga . jadi ibadah akhirnya dipindahkan kerumah Bishop (warisan dari orang tuanya) jl. Kaji 2a (belakang) Jakarta 10130. Persekutuan tersebut makin hari makin bertumbuh dan berkembang, jiwa-jiwa baru berdatangan sehingga jumlah anggota dari 0 menjadi 160 dan jiwa-jiwa dibaptiskan di dalam nama Bapa , Anak dan Roh Kudus sebanyak 79 jiwa.
Dengan berkembangnya jemaat maka pada tanggal 20 Juli 1968 persekutuan tersebut diresmikan menjadi sebuah Gereja dengan nama Gereja Kristen Anugerah dengan alamat Jl. Kaji no 2a (belakang) Jakarta 10130. Selanjutnya hamba Nya Bishop Jahja Handjojo mendaftarkan Badan Hukum Gereja Kristen Anugerah kepada Dirjen Bimas Kristen Departemen Agama Republik Indonesia dan mendapat Surat Keputusan (SK) pendaftaran No. Dd/P/DAK/027/68 Jakarta tertanggal 20 Juli 1968. Dengan sekretariat: Jl. Kaji No. 2.a (Belakang) Jakarta 10130. P.O. BOX. 4681 Jakarta Pusat . Dengan terdaftarnya Gereja Kristen Anugerah pada Dirjen Bimas Kristen Departemen Agama Republik Indonesia, maka Gereja Kristen Anugerah dinyatakan sebagai lembaga Keagamaan Kristen Protestan yang bersifat Gereja.
Gereja Kristen Anugerah (GKA) didaftarkan ulang pada Dirjen Bimas Kristen Departemen Agama Republik Indonesia dan mendapat Surat Keputusan (SK) dari Direktur Jenderal Bimbingan Masyarakat Kristen (Protestan) Departemen Agama No 95 Tahun 1988. Surat Keputusan tersebut ditetapkan di Jakarta, pada tanggal 12 April 1988 yang ditandatangani oleh Drs. Soenarto Martowiryono. NIP. 150107804.
Pendaftaran ini diberikan untuk menjadi pegangan dalam usaha melaksanakan tugasnya sesuai dengan Anggaran Dasar yang telah disesuaikan dengan Undang Undang No 8 tahun 1985. Dengan demikian dapat diketahui bahwa secara hukum, Gereja Kristen Anugerah mulai diakui kelembagaannya ketika mendapat Surat Keputusan dari Dirjen Bimas Kristen Departemen Agama Republik Indonesia yaitu tanggal 20 Juli 1968. Pada tanggal 20 Juli 1968 ini secara resmi menjadi Hari Lahir Gereja Kristen Anugerah (GKA) yang berkantor Pusat di Jl. Kaji No 2 A (Belakang) Jakarta 10130.